Agent Alexander Mahone po raz pierwszy pojawia się dopiero w II sezonie. Zostało mu zlecone przez FBI odszukanie ośmiu zbiegów z Fox River: Michaela Scofielda, Lincolna Burrowsa, Fernando Sucre, Theodore'a "T-Baga" Bagwella, Benjamina "C-Note" Franklina, Johna Abruzziego, Davida "Tweenera" Apolskisa oraz Charlesa "Haywire" Patoshika. Lecz jak się okazuje wraz z rozwojem akcji serialu, agent Mahone wcale nie działa po stronie prawa i nie ma zamiaru złapać zbiegów, tylko pozbyć się ich, by odkupić winę z przeszłości...